İkinci dönem Kütahya Mebusu Cemil Bey tarafından verilen bir takrir ile Yozgat ismi “Bozok” olarak değiştirilmiştir. Daha sonra 23 haziran 1527 yılında Bozok Mebusu Süleyman Sırrı Bey ve arkadaşlarının verdiği bir takrir ile Bozok adı tekrar Yozgat olarak değiştirilmiştir.,
ÇAPANOĞULLARI DÖNEMİ
Çapanoğulları, devlet tarafından Bozok bölgesinin asayişini sağlamak, ve vergilerini toplamak üzere görevlendirilmiş bir ayan kişidir. Ataları Koca Ömer ağa ancak Çapanoğullarının Bozok’a hakim olması onun oğlu Ahmet Ağa ile mümkün olmuştur. Ahmet Ağa asayişi temin etmek ve vergileri toplamada başarılı olunca devlet sorumluluğu tamamen ona vermiştir.
Yozgat köyünün yavaş  yavaş kasaba halini aldığı dükkanların, camilerin yapıldığı  bu dönemde tarih 1730’lu yıllardır. İstanbul’dan gelen paşalık unvanıyla Sivas’a vali tayin edilir. Daha sonra da idam fermanı gelir Ahmet Paşa kellesi bal dolu bir keseyle götürülür. Bozok karışır, asayiş bozulur devreye oğlu Mustafa Bey girer. Yozgat’ın şehir hüviyetine bürünmesi işte bu dönemde rastlar. Mustafa Bey’in 1779 yılında yaptırdığı Çapanoğlu Camii bugün dahi Anadolu’nun en güzel camileri arasındadır. Biri size sonra akıbetinin babası gibi olacağı, öldürülebileceği korkusuyla huzur kaçar. Mustafa Bey’in korktuğu başına gelir güvendiği 40 has adamına tüfek talimi yaptırırken onlar tarafından vurulur.
Bey korktuğuna oğlu Süleyman Bey oturur. Yozgat’ın altın döneminde Süleyman Beyin imzası vardır. 1794 de ağabeyinin saray, Arnavut kaldırımlar, büyük bahçeli evler, konaklar onun döneminde yapılır.
1813 yılında Süleyman Bey’in ölümünden sonra Bozok’ da ki etkinlikleri kalmayan Çapanoğullarının tarihimizde yeniden siyasi olaylar içerisinde görünmesi Çapanoğulları  ve Yozgat isyanı olarak tarihe geçen hadise siyasi otorite boşluğu söz konusudur ve devlete olan bağlılık ön plandadır.
1920 yılında Milli Mücadeleyi uğraştıran olayların başında gelen orta Anadolu’da ki karışıklık ve isyan hadiselerinin tamamını “Çapanoğlu isyanı veya Yozgat isyanı” gibi tanımlarla ele almak yanlıştır. Zira bu olaylar Yozgat’ın ve Çapanoğullarını dışında başlamış olaylardır. Yozgat bölgesini etkileyen isyan ve karışıklıklar 14 Mayıs 1920 yılında Sivas’a bağlı Yenihan da postacı Nazım ve Çerkez Kara Mustafa adlı şahısların Kaman köyünü basmalarıyla başlamış ve Çamlıbel, Zile ve Boğazlıyan’ı işgal edip kendilerine karşı koyan askeri birlikleri bozguna uğratmaklarıyla yayılarak tehlikeli bir hal almışlardır.
Çapanoğullarının doğrudan Milli Mücadeleye düşman oldukları söylenir, çünkü Yozgat’ta kurulan Müdafa-i Hukuk Cemiyeti’nin üyeleri arasında Celal ve Edip Beylerde vardır. Çapanoğullarına karşı bir tavır almaya sevk eden nedenlerin başında Milli Mücadeleyi yine bir İttihat Terakki hareketi olarak değerlendirmeleri vardır. Daha sonra Çapanoğulları Ankara’ya karşı olan soğukluklarını açıkça ortaya koymaktan çekinmediler. Ankara’da toplanacak Millet Meclisi içinde milletvekili göndermesine karşı çıktılar ve bu görüşmelerini bir telgrafla Heyet-i Temsiliye’ye ilettiler. Onlara göre Ankara’da yeni bir meclisin açılması padişaha karşı ayaklanma manasına gelmekteydi…
Gelişmelerin Milli Mücadele için tehlikeli bir hale gelmekte olduğu kanaati üzerine o tarihte en etkili silahlı birliğe sahip olan Çerkez  Ethem Ankara’ya çağırılarak Çapanoğullarının Yozgat’taki etkinliğini kırmakla görevlendirilmişlerdir. Batı cephesinde Yozgat isyanını bastırmak üzere görevlendirilen Çerkez Ethem 90 yaylı, araba, 70 subay, 2 bin yüz piyade bin beş yüz atlı dört dağı topu ve 8 makineli tüfekten olaşan büyük bir kuvvetle şehre girer her tarafı yağmalar, yıkar talan eder 12 kişiyi idam ettirir. Çapanoğullarına ait konakların tamamını yıktırır ve sürülerine el koyar. Çerkez Ethem Yozgat’ta çok ciddi bir yıkım gerçekleştirir.
    Alaca’ya yönelen Çerkez Ethem 28 Haziran 1920’de Arapseyfi’de toplanan Çapanoğulları ve taraflarının üzerine hücum ederek onları tamamen etkisiz hale getirir. Arapseyfi’ de ki çarpışma sonucunda Edip Bey yaralanmış ise de Çapanoğulları kaçmayı başarmış, Uzunyayla’ da ki Çerkez beylerine sığınmıştır.
    Çapanoğulları 1921 yılında çıkan affa kadar Uzunyayla’da Çerkez Beyleri’nin himayesinde kalmıştır. Daha sonra Celal ve Edip Beyler affedilerek İstanbul’da yaşamaya mecbur edilmişler ancak Halit Bey aftan yararlanma fırsatını bulamamış, Alaca yakınlarında Karatepe Köyü’nde ihbar edilerek yakalanmış ve Amasya’da ki İstiklal Mahkemesinde yangılanıp idam edilmiştir.
    Yusuf Ziya Bey ise tutuklanmış daha sonra kaçmayı başarmış Suriye’ye sığınmış orada kendisini tanıyan bir Ermeni yardımı sayesinde temin ettiği ev ve arazi ile hayatını idame ettirmiştir.
    Çerkez  Ethem’in Yozgat’tan ayrılmadan önce hem şehir içinde hem de civar köylerde yağma ve talanlarda bulunduğu hemen hemen bütün kaynaklarda yer almaktadır. Çerkez  Ethem 9 Temmuz 1920’de Yozgat’tan ayrılırken emrindeki çeteler tam anlamıyla bir soygun gerçekleştirmiştir. Çerkez  Ethem Yozgat’tan ayrılırken “Maşallah Yozgat, Yozgat değil, içi dolu altınmış” ifadesini kullandığı belirtilir. Ethem’in Yozgat’tan götürdüğü mallar ise Ankara Karacabey çarşısında günlerce satıldığı anlatılmaktadır.