21 Aralık 1956 tarihinde İstanbul'da dünyaya gelen Nişanyan, yazarlık kariyeri boyunca dil, tarih, kültür ve siyaset üzerine çok sayıda eser kaleme aldı. Bir dönem Türkiye'de yayımlanan Agos ve Taraf gazetelerinde köşe yazarlığı yapan Nişanyan, ayrıca çeşitli gezi ve araştırma kitaplarıyla da kamuoyunun dikkatini çekti.
Düşünce ve ifade özgürlüğü alanındaki çalışmaları nedeniyle 2004 yılında Ayşenur Zarakolu Özgür Düşünce ve İfade Özgürlüğü Ödülü'ne layık görülen Nişanyan, sonraki yıllarda Türkiye'de hakkında açılan davalar ve aldığı hapis cezalarıyla da gündeme geldi.
2017 yılında cezaevinden firar eden Nişanyan, Türkiye'den ayrılarak Sisam Adası'na yerleşti. Yaklaşık dört yıl boyunca burada yaşayan yazar, Ekim 2021'de Belgrad üzerinden Sisam'a dönüş yaptığı sırada Yunan makamları tarafından "istenmeyen kişi" (persona non grata) ilan edildi. Bu karar doğrultusunda ülkeye girişine izin verilmeyen Nişanyan hakkında sınır dışı işlemi uygulandı.
Ancak Nişanyan'ın Yunanistan'dan ayrılışı kalıcı olmadı. Yaklaşık iki buçuk ay sonra yeniden ülkeye dönen yazarın hukuki statüsüne ilişkin tartışmalar devam etti. Yunanistan'daki Ermeni diplomatik temsilciliği tarafından yapılan bilgilendirmede, mahkeme kararına göre Nişanyan'ın belirlenen süre içinde ülkeyi gönüllü olarak terk etmesi gerektiği ifade edildi. Aynı açıklamada, Ermenistan vatandaşlığı da bulunan Nişanyan'ın dilerse Ermenistan'a yerleşebileceği belirtildi.
Nişanyan, 2022 yılı itibarıyla yaşamını Karadağ'da sürdürmeye başladı. Kendi açıklamalarına göre Karadağ'a, iş insanı Besim Tibuk'un daveti üzerine geldi. Nişanyan, Yunan vatandaşı eşiyle birlikte ülkeye yerleştiklerini ve ilk dönemde Tibuk'a ait bir otelde konakladıklarını ifade etti. Sonraki süreçte Karadağ'da kalıcı yaşam kuran yazar, çalışmalarını ve yayın faaliyetlerini buradan sürdürmeye devam etti.
Etimoloji, tarih ve kültürel miras alanındaki çalışmalarıyla tanınan Nişanyan, aynı zamanda Türkiye'nin yakın dönem entelektüel ve siyasi tartışmalarında sıkça adı geçen isimler arasında yer almayı sürdürüyor.
