Bazıları onu Yahudilerin beklenen kurtarıcı kralı olduğuna inanmaya başladı. Dünyayı 38 krallığa ayırıp her birine sadık adamlarını tayin etti. Bunun üzerine İstanbul’daki hahambaşı kendisini hükümete şikayet etti. Sevi, Çanakkale’ye sürgün olundu. Faaliyetlerine devam edince Edirne’de padişah Sultan IV. Mehmed‘in huzuruna çıkarıldı. Öldürüleceğinden korkarak Müslüman olmuş göründü ve Mehmed ismini aldı.
Orada bulunan şeyhülislâm Vânî Mehmed Efendi “Adım gibi eminim ki bu adam Müslüman olmadı. Ama ne çare dinimiz görünüşe itibar eder” demekten kendisini alamadı. Müritleri de topluca Müslüman olduklarını ifşâ ettiler. İslâm dini, görünüşe itibar eder. Hazret-i Peygamber de münafık olduğunu bildiği kimselere bile bu sebeple ilişmemiştir. Kaldı ki içlerinden samimî Müslümanlar da olabilir.
Sevi, faaliyetten geri durmadı. Sabetayistlik denilen tarikatin 18 prensibini neşretti: “Allah birdir. Sevi mesihtir. Yalan yere yemin edilmeyecektir. Allah’ın ve mesihin adı anıldığında hürmet edilecektir. Mesih’in sırrını anlamak için toplantılar yapılacak. Adam öldürülmeyecek. Zina edilmeyecek. Yahudi takviminin 9. ayı Kislev’in 16. günü bayram yapılacak. Yalan şâhidlik edilmeyecek. Birbirlerine mürüvvet ve merhametli davranılacak. Her gün gizlice mezamir okunacak. Müslümanların âdetlerine ve zahiren ibâdetlerine uyulacak. Oruç tutulacak. Kurban kesilecek. Müslümanlarla evlenilmeyecek. Müslüman bayramlarına hürmet gösterilecektir...” Taraftarlarıyla gizlice âyin yaparken yakalanan Sevi, Sadrazam Fazıl Ahmed Paşa tarafından sorgulanıp adamlarıyla beraber Arnavutluk’a sürüldü. 1675’te burada öldü. Mesele sürgünle çözüldüğü için hükûmet öldürme yoluna gitmemiştir. Çünkü Osmanlılar, düzeni tehdit etmedikçe kimsenin inancına karışmazdı.
İzmirli hahamlar Sabetay Sevi'nin dinlerini bozduğu gerekçesiyle öldürülmesine karar verdiler, ama bu kararı uygulayamadılar ve onu Osmanlı sarayına şikayet ettiler. Osmanlı yönetimi en başta olaya ilgisizdi. Daha sonra Yahudi din adamlarının artan şikayetleri üzerine Sevi tutuklanarak Sultan IV. Mehmet'in huzuruna çıkarıldı. Sevi, Sultandan Mesih olarak tanınma talep etti, ayrıca İsrail toprağının kendisine vermesini de istedi. Sultan onu Çanakkale'de bir kaleye hapsetti. Faaliyetleri burada da devam eden Sevi'yi yine yahudi hahamlar Saray'a şikayet edince, Osmanlı bu talepler karşısında kayıtsız kalamadı. Ortaya çıkan kargaşayı gidermek ve işin esasını öğrenmek için Fazıl Ahmet Paşa, Sevi'nin derhal İstanbul'a gönderilmesini istedi.
1924 Yılına kadar Sabetaycılar üç ayrı grup halinde yaşantılarını devam ettirmişlerdir. Genelde Selanik başta olmak üzere İstanbul, İzmir, Sofya, Üsküp gibi şehirlerde küçük cemaatler halinde yaşamışlardır. 1924 mübadelesi ile birlikte Türkiye’ye getirilen islam uyruklu Osmanlı vatandaşları içinde yer almışlarıdr. Cumhuriyet Dönemi Devlet arşivlerinde sabetaycılık konusuna ilişkin belgeler bulunmamaktadır.
