Ardından Alaçam Ortaokulu ve Sapanca Endüstri Meslek Lisesi’ni tamamladı.
1988 yılında İstanbul Üniversitesi Sosyoloji Bölümü’ne başlayan Alpay, buradan 1993 yılında mezun oldu. Akademik çalışmalarına devam ederek, 1997 yılında Sakarya Üniversitesi Sosyoloji Bölümü’nde yüksek lisansını tamamladı. Tez çalışmasını “Hareket Dergisindeki Yazılarıyla Nurettin Topçu ve Anadolucu Milliyetçilik” üzerine yaptı.
Yazı hayatına kısa kitap tanıtımlarıyla adım atan Alpay, 1991 yılından itibaren Haksöz dergisinde düzenli olarak yazılar kaleme almaya başladı. Aynı zamanda Ekin Yayınları’nda editörlük yaptı.
Ekim 2010’dan bu yana Yeni Akit gazetesinde haftada iki gün köşe yazıları yazan Alpay, Türkiye’nin siyasi ve toplumsal meseleleri üzerine görüşlerini paylaşmaktadır.
28 Şubat sürecinde kuruluş çalışmalarında yer aldığı Özgür-Der’in halen Genel Başkan Yardımcılığı görevini sürdüren Alpay, Türkiye’nin yakın siyasi tarihine dair birçok seminer ve konferans vermektedir.
Eylül 2017’den itibaren Akit TV’de “Seyir Defteri” adlı haftalık programı hazırlayıp sunan Kenan Alpay, evli ve dört çocuk babasıdır. İstanbul’da yaşamını sürdürmektedir.