1891-1895 yılları arasında sadrazamlık görevini yürüten Ahmed Cevad Paşa'nın kardeşi olan Şakir Paşa, aynı zamanda ünlü yazar Halikarnas Balıkçısı takma adıyla bilinen Cevat Şakir Kabaağaçlı'nın babasıdır.
1855 yılında Bursa'da doğan Şakir Paşa'nın ailesi, Afyonkarahisar’ın Kabaağaç bölgesine yerleşen bir Türkmen aşiretine dayanmaktadır. Babası, Elmalı'dan Kabaağaçlı Miralay Mustafa Asım Bey, annesi ise Şam'ın tanınmış Hattatzadeler ailesinden Zehra Hanım'dır. Ailesi, babasının hastalığı nedeniyle Bursa'ya yerleşmiş, ardından İstanbul'a taşınmış ve burada Şakir Paşa, çocukluk yıllarını geçirmiştir. Ailesinin erken yaşta vefat etmesi üzerine, Atıfzade Hüsamettin Efendi'nin himayesine alınmıştır.
Askeri eğitimini tamamlayan Şakir Paşa, 1880 yılında kurmay yüzbaşı olarak orduya katıldı ve hızla yükselerek general oldu. Girit, Roma ve Çetine gibi görevlerde bulundu. 1890'da Girit Valisi olarak atanan Şakir Paşa, aynı zamanda ağabeyi Ahmed Cevad Paşa'nın sadrazamlık görevinde ona yaverlik yaptı. 1895 yılında, ağabeyinin görevden alınmasının ardından, tepki olarak görevinden çekildi
Galatasaray Lisesi'nde gönüllü tarih öğretmenliği yaptıktan sonra, Büyükada'ya yerleşti. Ailesiyle birlikte burada, modern yaşam standartlarına sahip bir ev kurdu. Batılı eğitim anlayışını benimseyerek, hem kız hem de erkek çocuklarının eğitimine büyük önem verdi. Şakir Paşa, bilim, kültür ve resim sanatlarına olan ilgisiyle tanınır.
İki evlilik yapan Şakir Paşa'nın, ilk eşinden bir oğlu, ikinci eşinden ise dört kızı ve iki oğlu oldu. 1912-1913 Balkan Savaşları öncesinde, Selanik'te inşa ettiği otelin yapımına tüm parasını yatıran Şakir Paşa, savaş sırasında otelin yanmasıyla maddi zorluklar yaşadı. Bu zorluklar, büyük oğlu Cevat Şakir ile aralarındaki ilişkileri daha da gerginleştirdi.
1914 yılında, Afyon'daki çiftliğini denetlemek üzere oğullarıyla birlikte Afyon'a giden Şakir Paşa, burada Cevat Şakir ile yaşadığı bir tartışmanın ardından, oğlu tarafından öldürüldü. Cenazesi İstanbul'a getirilerek Büyükada'ya defnedildi. Oğlu Cevat Şakir, babasını öldürmek suçundan 14 yıl hapis cezasına çarptırıldı ve 7 yıl sonra serbest bırakıldı.