1941 yılında Kırşehir'de dünyaya gelen Mustafa Şamil Ekinci, eğitim hayatını İstanbul'da tamamladı. Ailesinin Trabzon'da fabrika kurma girişimiyle genç yaşta bu şehre yerleşen Ekinci, Trabzon’da iş dünyasında adından söz ettiren un, yem ve çuval fabrikaları başta olmak üzere birçok ticari işletmenin kurucusu oldu. Aynı zamanda bir gazete de kurarak şehirde önemli bir girişimci olarak anıldı.
Mustafa Şamil Ekinci, Trabzonspor’daki yöneticilik kariyerine 1970 yılında, Rıfat Dedeoğlu başkanlığındaki yönetim kurulunda başladı. 1975 yılına kadar yönetim kurulu üyeliği, umumi kaptanlık ve ikinci başkanlık görevlerinde bulundu. Haziran 1975'te Trabzonspor başkanı seçilen Ekinci, kulübün tarihindeki altın dönemlere imza attı.
Ekinci, başkanlık yaptığı 1975-1976 sezonunda Trabzonspor’u İstanbul’un hegemonyasından kurtararak Anadolu’nun ilk şampiyonu yaptı. 5 sezon süren başkanlık döneminde Trabzonspor, 4 Süper Lig şampiyonluğu, 2 Türkiye Kupası, 5 Cumhurbaşkanlığı Kupası ve 2 Başbakanlık Kupası kazanarak tarih yazdı.
Mustafa Şamil Ekinci, başkanlık görevinden sonra 1983-1985 yılları arasında Trabzonspor Divan Kurulu Başkanlığı yaptı. 1995 yılında Faruk Özak’ın başkanlığındaki yönetimde ise Başkan Yardımcılığı görevini üstlendi. Ekinci’nin Trabzonspor’a liderlik ettiği dönemde kulüp, toplamda 17 kupa kazandı.
Trabzonspor’un tarihini yaşatan Trabzonspor Müzesi, 9 Şubat 2011’de Mustafa Şamil Ekinci’nin adıyla açıldı. Bu onuru büyük bir gururla karşılayan Ekinci, “Hayatımın en büyük hediyesini aldım” diyerek duygularını dile getirmişti.
Mustafa Şamil Ekinci, Trabzon’a sadece sportif anlamda değil, iş dünyasında da büyük katkılar sağladı. Trabzon’a yerleştiği günden itibaren şehre ekonomik ve sosyal anlamda değer kattı. Trabzonspor camiasının en saygın isimlerinden biri olarak hatırlanan Ekinci, hayatı boyunca Trabzon ve Trabzonspor için çalıştı.