Eğitim hayatına İstanbul Erkek Lisesi ve Robert Kolej’de başladı. Lisans eğitimini ABD’de Hamilton College’da tamamlayan Kafadar, yüksek lisans ve doktorasını Kanada’daki McGill Üniversitesi İslami Araştırmalar Enstitüsü’nde Osmanlı tarihi üzerine yaptı.
1985-1989 yılları arasında Princeton Üniversitesi’nde öğretim üyeliği yapan Kafadar, 1990 yılında Harvard Üniversitesi Tarih Bölümü’ne geçti. 1997’de Vehbi Koç Türkiye Etüdleri Kürsüsü’nün başkanlığına getirildi. Aynı zamanda Harvard Üniversitesi Orta Doğu Araştırmaları Merkezi’nin iki dönem direktörlüğünü yaptı.
Akademik kariyeri boyunca Paris’te EHESS ve Boğaziçi Üniversitesi gibi prestijli kurumlarda konuk öğretim üyesi olarak dersler verdi. Osmanlı tarih yazımına eleştirel bir bakış kazandıran Kafadar, Orta Doğu ve Güneydoğu Avrupa’nın erken modern dönemdeki toplumsal ve kültürel tarihine odaklandı.
En önemli eserlerinden biri olan İki Cihan Âresinde: Osmanlı Devleti’nin Kuruluşu, Osmanlı İmparatorluğu’nun kuruluş sürecini farklı bir perspektiften ele alarak büyük yankı uyandırdı. Kim Var İmiş Biz Burada Yoğ İken ve Kendine Ait Bir Roma gibi çalışmalarıyla Osmanlı tarihi üzerine derin analizler sundu.
Osmanlı tarihçiliğine katkılarından dolayı 2010 yılında Cumhurbaşkanlığı Kültür ve Sanat Büyük Ödülü’ne layık görülen Prof. Dr. Cemal Kafadar, akademik çalışmalarına Harvard Üniversitesi’nde devam etmektedir.
